W 1854 został Warszewicz pierwszym inspektorem Ogrodu Botanicznego w Krakowie. Był już wtedy niesłyszący i poważnie osłabiony febrą. To efekty przygód i podróży do lasów Ameryki Środkowej i Południowej, gdzie przez kilkanaście lat poszukiwał nowych okazów botanicznych.

W Krakowie Warszewicz rozbudował szklarnię, która wzbogacił przywiezionymi przez siebie okazami. Za jego czasów ogród gromadził niebagatelną liczbę prawie 10 000 gatunków roślin.

Zanim jednak zdobył światową sławę spędził lata praktykując ogrodnictwo w swoim rodzinnym Wilnie. Potem jako powstaniec listopadowy (1831) musiał uciekać z terenów zaboru rosyjskiego i znalazł się w Berlinie. Stamtąd, dzięki poparciu wielkiego przyrodnika Aleksandra von Humboldta trafił na swoją pierwszą wyprawę, która zaczęła się na Karaibach (1844).

Początek był nieudany. Członków ekspedycji zmogła gwałtowna choroba, kilku zmarło, ale Warszewicz jakimś cudem wyzdrowiał. Dostał się do Meksyku, a potem przez Gwatemalę i inne kraje do Panamy. Kolejne szlaki zawiodły polskiego botanika na szczyty ekwadorskich Andów i do amazońskiej dżungli. Znosił wielkie upały i górski mróz, podróżował samotnie, czasem na mułach lub z nurtem rzek - wciąż zbierając rośliny i nasiona. W 1850 roku już w glorii wielkiego odkrywcy powrócił do Berlina.

Następna wyprawa to przejście praktycznie całej Ameryki Południowej, z północy na południe, od Kolumbii po Patagonię. Znowu przechodzi febrę, ale udaje mu się wykaraskać i wciąż powiększać swoje zbiory. Zasłynął wtedy szczególnie z odkrytych storczyków. W 1853 powraca do Europy i jakiś czas później zaczyna pracę w Krakowie. Umiera w roku 1866, w wieku 54 lat.